За подання звітності та сплату VAT із запізненням компанія отримує штрафи і відсотки за сумою податку. Ці штрафи різні для кожної з країн ЄС і залежать від терміну затримки та суми податку до сплати. Так, наприклад, в Естонії стягуватиметься 0.006% від суми податку до сплати за кожен день прострочення, і потенційно компанія може отримати штраф у розмірі 32 000 євро за неподання декларації та несплату податку. В Ірландії пеня за прострочення платежу призначається в розмірі 0,0274% за день прострочення, і потенційний штраф за неподання декларації становить 4000 євро. Однак, крім штрафів, податкові служби можуть застосовувати і більш жорсткі заходи покарання: від блокування рахунків до заборони ведення діяльності на території країни.